- Agencia de Cooperación de los Reguladores de la Energía (ACER)
- Agencia del GNSS Europeo (GSA)
- Agencia de los Derechos Fundamentales de la Unión Europea (FRA)
- Agencia Europea de Control de la Pesca (EFCA)
- Agencia Europea de Medicamentos (EMA)
- Agencia Europea de Medio Ambiente (EEA)
- Agencia Europea de Seguridad Aérea (EASA)
- Agencia Europea de Seguridad de las Redes y de la Información (ENISA)
- Agencia Europea de Seguridad Marítima (EMSA)
- Agencia Europea de Sustancias y Preparados Químicos (ECHA)
- Agencia Europea para la gestión de la cooperación operativa en las fronteras exteriores (FRONTEX)
- Agencia Europea para la gestión operativa de sistemas informáticos de gran magnitud en el espacio de libertad, seguridad y justicia (IT Agency)
- Agencia Europea para la Seguridad y la Salud en el Trabajo (EU-OSHA)
- Agencia Ferroviaria Europea: por unos ferrocarriles seguros y compatibles (ERA)
- Autoridad Bancaria Europea (ABE)
- Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA)
- Autoridad Europea de Seguros y Pensiones de Jubilación (AESPJ)
- Autoridad Europea de Valores y Mercados (AEVM)
- Centro de Traducción de los Órganos de la Unión Europea (CdT)
- Centro Europeo para el Desarrollo de la Formación Profesional (Cedefop)
- Centro europeo para la prevención y el control de las enfermedades (ECDC)
- Escuela Europea de Policía (CEPOL)
- Fundación Europea de Formación (ETF)
- Fundación Europea para la Mejora de las Condiciones de Vida y de Trabajo (EUROFOUND)
- Instituto Europeo de la Igualdad de Género (EIGE)
- Observatorio Europeo de las Drogas y las Toxicomanías (EMCDDA)
- Oficina Comunitaria de Variedades Vegetales (CPVO)
- Oficina de Armonización del Mercado Interior (Marcas, Dibujos y Modelos) (OHIM)
- Oficina Europea de Apoyo al Asilo (en preparación) (EASO)
- Oficina Europea de Policía (EUROPOL)
- Organismo de Reguladores Europeos de las Comunicaciones Electrónicas (ORECE)
- Unidad de Cooperación Judicial de la Unión Europea (EUROJUST)
Agencias de Política Común de Seguridad y Defensa
- Agencia Europea de Defensa (EDA)
- Centro de satélites de la Unión Europea (EUSC)
- Instituto de Estudios de Seguridad de la Unión Europea (EUISS)