• Agencia de Cooperación de los Reguladores de la Energía (ACER)
• Agencia del GNSS Europeo (GSA)
• Agencia de los Derechos Fundamentales de la Unión Europea (FRA)
• Agencia Europea de Control de la Pesca (EFCA)
• Agencia Europea de Medicamentos (EMA)
• Agencia Europea de Medio Ambiente (EEA)
• Agencia Europea de Seguridad Aérea (EASA)
• Agencia Europea de Seguridad de las Redes y de la Información (ENISA)
• Agencia Europea de Seguridad Marítima (EMSA)
• Agencia Europea de Sustancias y Preparados Químicos (ECHA)
• Agencia Europea para la gestión de la cooperación operativa en las fronteras exteriores (FRONTEX)
• Agencia Europea para la gestión operativa de sistemas informáticos de gran magnitud en el espacio de libertad, seguridad y justicia (IT Agency) 
• Agencia Europea para la Seguridad y la Salud en el Trabajo (EU-OSHA)
• Agencia Ferroviaria Europea: por unos ferrocarriles seguros y compatibles (ERA)
• Autoridad Bancaria Europea (ABE) 
• Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (EFSA)
• Autoridad Europea de Seguros y Pensiones de Jubilación (AESPJ) 
• Autoridad Europea de Valores y Mercados (AEVM) 
• Centro de Traducción de los Órganos de la Unión Europea (CdT)
• Centro Europeo para el Desarrollo de la Formación Profesional (Cedefop)
• Centro europeo para la prevención y el control de las enfermedades (ECDC)
• Escuela Europea de Policía (CEPOL)
• Fundación Europea de Formación (ETF)
• Fundación Europea para la Mejora de las Condiciones de Vida y de Trabajo (EUROFOUND)
• Instituto Europeo de la Igualdad de Género (EIGE)
• Observatorio Europeo de las Drogas y las Toxicomanías (EMCDDA)
• Oficina Comunitaria de Variedades Vegetales (CPVO)
• Oficina de Armonización del Mercado Interior (Marcas, Dibujos y Modelos) (OHIM)
• Oficina Europea de Apoyo al Asilo (en preparación) (EASO) 
• Oficina Europea de Policía (EUROPOL)
• Organismo de Reguladores Europeos de las Comunicaciones Electrónicas (ORECE)
• Unidad de Cooperación Judicial de la Unión Europea (EUROJUST)

Agencias de Política Común de Seguridad y Defensa

• Agencia Europea de Defensa (EDA)
• Centro de satélites de la Unión Europea (EUSC)
• Instituto de Estudios de Seguridad de la Unión Europea (EUISS)